Hipotalamus, beyin bölgesinin talamusun altına uzananan ve üçüncü serebral ventrikül zeminini oluşturan yapı. Hipotalamus beynin ayrılmaz bir parçasıdır. Beynin altından çıkıntı yapan küçük koni biçimli bir yapıdır. Hipotalamus, otonom sinir sisteminin birçok fonksiyonu için bir kontrol merkezidir ve hipofiz beziyle olan karmaşık etkileşiminden dolayı endokrin sistemi üzerinde etkisi vardır.