Belirli bir protein ailesi (ribozomal, sitokromal vb.) içinde sabit oranda amino asit meydana getirilir ve iki tür arasındaki ayrışma derecesi akrabalık derecelerini test etmek için kullanılan bir moleküler evrim analizi yöntemi. Evrim saati ya da gen saati olarak da adlandırılır. Proteinleri oluşturan aminoasitlerin genler üzerindeki kodlarında meydana gelen mutasyonların, göreceli olarak sabit bir hızda meydana gelmesine dayanır. Dolayısıyla, aynı protein dizisindeki genetik farklılıklara bakarak, bir türün diğerinden ne zaman ayrıldığı, sabit zaman aralıklarında meydana gelen mutasyonlardan anlaşılabilir.
Görselde, moleküler saat hipotezinin farklı proteinler üzerinde kullanılmasıyla ayrışma zamanları tespit edilen hayvan grupları gösterilmektedir.
Görselde, moleküler saat hipotezinin farklı proteinler üzerinde kullanılmasıyla ayrışma zamanları tespit edilen hayvan grupları gösterilmektedir.
