Kanlı Kilise ya da Moğolların Azize Meryem Kilisesi, İstanbul'un Fatih semtinde bulunan bir Ortodoks kilisesidir. Osmanlı döneminde camiye çevrilmeyerek Rumların ibadetine bırakılmış Bizans döneminden kalma tek kilisedir.Fatih semtinde yüksek duvarların arkasında kalan kilise, genellikle halka açık değildir. Tevkii Cafer Mektebi Sokakta bulunmaktadır.
7. yüzyılın başlarında, Bizans imparatoru Maurikios'un kızı prenses Sopatra ve arkadaşı Eustolia tarafından İstanbul'un beşinci tepesinde bir manastır inşa ettirmişti. Ancak Dördüncü Haçlı Seferinin ardından kurulan Latin İmparatorluğu sırasında manastır yıkılmıştır.
1261'de, şehrin Bizanslılar tarafından yeniden ele geçirilişinin ardından Georgios Akropolites'in kayınpederi ve VIII. Mihail'un dayısı İsaakios Doukas, aynı yerde tek katlı basit bir manastır yaptırmıştır.
1281'de ise, İmparator VIII. Mihail'ın gayrimeşru kızı ve Moğol İlhanlı hükümdarı Abak Han'ın karısı Maria Despina Palaiologina, kocasının ölümünün ardından İstanbul'a dönmüştür. Maria Despina günümüze kalan şekliyle manastırı ve kiliseyi inşa ettirmiş, Ktētorissa ("kurucu") unvanını almıştır. Bu tarihten itibaren manastır ve kilise Mouchliōtissa (Yunanca "Moğolların") lakabını almıştır.
1453'te İstanbul'un fethinden sonra, Kilise Sultan II. Mehmed tarafından Fatih Camii'nin mimarı Hristodoulos'un annesine bağışlanmıştır. Aynı şekilde II. Bayezid da kiliseyi Christodoulos'un yeğenine vermiştir.
